Флуоресцентни багрила

Производните на флуоресцеин са най-често срещаните флуоресцентни етикети, въведени в олигонуклеотидите. Карбоксифлуоресцеинът има доста голям моларен коефициент на абсорбция и висок квантов добив. В допълнение, максималното възбуждане за производни на флуоресцеина е в спектралния диапазон на аргонови (488 nm) и Nd: YAG (477 nm) лазери, което прави това багрило незаменим в области като:

ДНК анализ с лазерно индуцирана флуоресцентна детекция;
конфокална лазерна сканираща микроскопия;
поточна цитометрия.

При работа с флуоресцеинови производни и техните конюгати обаче трябва да се има предвид следното:

относително висока степен на избледняване;
pH-чувствителна флуоресценция (pKa

6.4), което намалява значително при рН под 7.0;

относително широк флуоресцентен спектър, ограничаващ използването на флуоресцеинови производни в някои приложения, включващи използването на няколко флуоресцентни багрила едновременно;

възможно намаляване на интензивността на флуоресценцията в конюгати с биополимери, особено при многократно заместване.

Багрилата от серията родамин са намерили широко приложение като олигонуклеотидни етикети. За разлика от производни на флуоресцеините, техните спектрални характеристики не се променят в диапазона на рН от 4 до 10. Карбоксиродамин R6G е подобен по спектрални характеристики на 6-JOE. Карбоксиродамините се използват в различни молекулярно-биологични приложения като:

автоматично секвениране на ДНК;
количествена PCR в реално време;
флуоресцентна in situ хибридизация;
откриване на ДНК чипове.

Области на употреба:

Багрилата от серията родамин са намерили широко приложение като олигонуклеотидни етикети. За разлика от флуоресцеиновите производни, техните спектрални характеристики не се променят в диапазона на рН от 4 до 10. В момента карбокси-Х-родаминът е едно от най-използваните флуоресцентни багрила от серията родамин. Карбокси-Х-родаминът се използва в различни молекулярно-биологични приложения като:

автоматично секвениране на ДНК;
количествена PCR в реално време;
флуоресцентна in situ хибридизация;
откриване на ДНК чипове.

Багрилата от серията родамин са намерили широко приложение като олигонуклеотидни етикети. За разлика от флуоресцеиновите производни, техните спектрални характеристики не се променят в диапазона на рН от 4 до 10. В момента тетраметилкарбоксиродаминът е най-използваното флуоресцентно багрило от серията родамин. На първо място, трябва да се отбележи, че TAMRA се използва като акцептор на флуоресценция в сонди, използвани за количествена PCR в реално време. Други молекулярно биологични приложения, които използват олигонуклеотиди, маркирани с това багрило, включват:

ДНК секвениране;
флуоресцентна in situ хибридизация;
откриване на ДНК чипове.

6-карбокси-4 ', 5'-дихлоро-2', 7'-диметоксифлуоресцеин (6-JOE) е един от флуорофорите (като 5-FAM, 6-TAMRA и 6-ROX), традиционно използвани в автоматична ДНК последователност ... Химическата модификация на ксантеновия пръстен измества максимумите на абсорбция и флуоресценция на това производно на флуоресцеина към по-дълги вълни. 6-JOE абсорбционен/флуоресцентен спектър междинен в сравнение с други багрила, висок квантов добив и ниска чувствителност към промени в рН (pKa

4.3) в границите, близки до физиологичните, позволяват използването на това багрило за редица молекулярно биологични приложения.

автоматично секвениране на ДНК;
количествена PCR в реално време.

* За Акридин флуоресценцията пламва значително, когато се интеркалира в ДНК двойната спирала.

Когато се съберат в космоса, пиреновите производни образуват ексимер. В този случай флуоресцентният пик на ексимера се различава от флуоресцентния пик на едно багрило (470 nm - ексимер, 376 nm - пирен). Това свойство на пирените се използва активно за структурни изследвания на нуклеинови киселини.